Тендер №0373100043226000170: Поставка реагентов и расходных материалов

Предназначен для подготовки библиотек кДНК из полиа(+) РНК, исследования дифференциальной экспрессии генов, характеризации изоформ, сплайс-вариантов и слияний транскриптов, измерения длины поли-А хвостов. Оптимизирован для идентификации и количественной оценки полноразмерных транскриптов с максимальной производительностью. Время подготовки (без учета ПЦР): не более 225 минут. Требования к входным данным: не более 10 нг poly(A)+ РНК или 500 нг общей РНК. Необходима обратная транскрипция (RT). Необходимо проведение ПЦР.

Ячейка предназначена для получения последовательности ДНК и РНК, идентификации модификаций нуклеиновых кислот. Ячейка совместима с ампликонами, геномной ДНК, кДНК, РНК, мРНК и другими видами нуклеиновых кислот. Ячейка позволяет детектировать модификации ДНК 5mC, 5hmC, 6mA, 4mC. Ячейка позволяет детектировать модификации РНК m6A, pseU, m5C, Inosine, 2’OMe-A, 2’OMe-C, 2’OMe-G, 2’OMe-U. Способ детекции нуклеотидов: изменение колебания электрического тока. Количество зон считывания нуклеотидов для повторной детекции. не менее 2 шт. Совместимость с наборами реагентов для баркодирования кДНК п.1 настоящего описания объекта закупки. Точность сырых прочтений: не менее 99% Максимальная точность сырых чтений при использовании модели бейзколлинга sup: не менее 99,9% Ячейка имеет световой экран, защищающий от светочувствительности. Ячейка имеет порты для ручной и автоматической загрузки готового образца. Анализ данных с ячейки производится в режиме реального времени. Производительность проточной ячейки: не менее 290 млрд пар оснований. Количество библиотеки, загружаемое в порт: не более 32 мкл Возможность работы с вязкими образцами. Гарантированное количество рабочих пор на ячейке : не менее 5000

Набор предназначен для промывки проточных ячеек с целью повторного использования проточных ячеек для секвенирования. Набор позволяет осуществить нуклеазную промывку проточной ячейки. Количество промывок должно быть не менее 6. Набор содержит не менее 3 типов буферных растворов

Буфер предназначен для использования на этапах лигирования протоколов пробоподготовки к секвенированию следующего поколения в качестве оптимальной среды для работы быстрой T4 ДНК-лигазы. Химический состав 1X буфера – 66 мМ трис-гидрохлорид, 10 мМ MgCl2, 1 мМ ДТТ, 1 мМ АТФ, 6% ПЭГ 6000, pH 7.6 при 25°C. Концентрация буфера: не менее 5X

Фермент предназначен для лигирования фрагментов двухцепочечных ДНК и РНК. Фермент катализирует образование фосфодиэфирной связи между концевыми 5’-фосфатом и 3’-ОН группой расположенных рядом оснований двухцепочечных ДНК и РНК. Фермент может лигировать как «липкие», так и «тупые» концы двухцепочечных ДНК и РНК. Фермент может восстанавливать ники в двухцепочечной ДНК, РНК или ДНК/РНК гибридах. Происхождение фермента - штамм E.coli C600 pcl857 pPLc28 lig8. Фермент поставляется в буфере, содержащем 10 мM трис-гидрохлорид, 50 мM KCl, 1 мM ДТТ, 0.1 мM ЭДТА, 50% глицерин, pH 7.4 при 25°C. Фермент поставляется в комплекте с реакционным буфером. Концентрация реакционного буфера: не менее 10X. Фермент совместим с реакционным буфером, содержащим 50 мМ трис-гидрохлорид, 10 мМ MgCl2, 1 мМ АТФ, 10 мМ ДТТ, pH 7.5 при 25°C. Фермент инактивируется нагреванием при 65°C в течение не более 10 мин. Количество фермента: не менее 100 000 е.а. Концентрация фермента: не менее 2 000 000 е.а./мл

Фермент катализирует отщепление нуклеотидов с 5’-конца линейной интактной и никированной двухцепочечной ДНК. Происхождение фермента – штамм E.coli, несущий ген экзонуклеазы бактериофага лямбда. Фермент поставляется в буфере, содержащем 25 мМ трис-гидрохлорид, 50 мМ NaCl, 1 мМ ДТТ, 0,1 мМ ЭДТА, 50% глицерин, pH 8.0 при 25°C. Фермент поставляется в комплекте с реакционным буфером. Концентрация реакционного буфера: не менее 10X. Фермент совместим с реакционным буфером, содержащим 67 мМ глицин-KOH, 2,5 мМ MgCl2, 50 мкг/мл БСА, pH 9.4 при 25°C. Фермент инактивируется нагреванием при 75°С в течение не более 10 мин. Концентрация фермента: не менее 5 000 е.а./мл. Количество фермента: не менее 5 000 е.а

Фермент предназначен для последовательного отщепления нуклеотидов с конца одноцепочечной ДНК в направлении 3’-5’. Предназначен для использования в молекулярно-биологических исследованиях in vitro. Происхождение фермента – штамм E.coli, несущий клонированный ген термолабильной экзонуклеазы I штамма холодолюбивой морской бактерии. Форма поставки фермента – высокоочищенный фермент, 10 мМ трис-гидрохлорид, 250 мМ NaCl, 1 мМ ДТТ, 0,1 мМ ЭДТА, 200 мкг/мл БСА, 50% глицерин, pH 7.4 при 25°C. В комплект поставки фермента входит реакционный буфер. Концентрация реакционного буфера: не менее 10Х. Фермент совместим с буфером, содержащим 100 мМ NaCl, 50 мМ трис-гидрохлорид, 10 мМ MgCl2, 100 мкг/мл БСА, pH 7.9 при 25°C. Фермент инактивируется нагреванием при 80°С в течение не более 1 мин. Концентрация фермента: не менее 20 000 е.а./мл. Количество фермента: не менее 15 000 е.а

Фермент катализирует вырезание урацил-содержащих нуклеотидов из двухцепочечной ДНК. Фермент представляет собой смесь урацил ДНК- гликозилазы и ДНК эндонуклеазы VIII. Происхождение фермента – штамм E.coli K-12, несущий плазмиды с генами урацил ДНК- гликозилазы и ДНК эндонуклеазы VIII. Фермент поставляется в буфере, содержащем 10 мМ трис-гидрохлорид, 5 мМ NaCl, 50 мМ KCl,1 мМ ДТТ, 0,1 мМ ЭДТА, 175 мкг/мл БСА, 50% глицерин, pH 7.4 при 25°C. Фермент поставляется в комплекте с реакционным буфером. Концентрация реакционного буфера: не менее 10X. Фермент совместим с буфером, содержащим 50 мМ ацетата калия, 20 мМ трис-ацетата, 10 мМ ацетата магния, 100 мкг/мл БСА, pH 7.9 при 25°C. Концентрация фермента: не менее 1 000 е.а./мл. Количество фермента: не менее 250 е.а

Магнитные частицы предназначены для очистки РНК. Метод работы частиц основан на принципе обратной иммобилизации в твердой фазе, который помогает эффективно удалять белок, ионы солей и другие примеси и в ходе очистки РНК

Магнитные частицы предназначены для очистки ДНК. Метод работы частиц основан на принципе обратной иммобилизации в твердой фазе, который помогает эффективно удалять белок, ионы солей и другие примеси и в ходе очистки ДНК. Магнитные частицы совместимы с наборами для создания библиотек ДНК и РНК различных марок

Обратная транскриптаза обладает РНК-зависимой и ДНК-зависимой полимеразной активностью, но лишен активности РНКазы Н из-за мутации в домене РНКазы Н M-MuLV RT. Фермент обладает значительно улучшенной термостабильностью, не менее чем в 50 раз более высокой технологичностью, надежностью и увеличенной скоростью синтеза по сравнению с M-MuLV RT дикого типа. Устраненная активность РНКазы Н позволяет ферменту продуцировать очень длинные РНК-транскрипты длиной до 20 т.п.о. Благодаря высокой термостабильности фермент сохраняет полную активность в течение всей реакции обратной транскрипции и генерирует высокие выходы кДНК. Температура реакции может быть увеличена до 65°C для эффективной транскрипции участков РНК с высокой вторичной структурой или для повышения специфичности с использованием геноспецифичных праймеров. Фермент активен не менее чем на 90% после инкубации при 50°C в течение 60 минут в реакционной смеси. Фермент активен при температуре до 65°C. Выход полноразмерной кДНК: до 20 т.п.о. Воспроизводимый синтез кДНК из широкого диапазона начальных количеств общей РНК: от 1 пг до 5 мкг. Полный синтез кДНК занимает до 30 минут. Содержит модифицированные нуклеотиды. Приложения: Синтез кДНК первой цепи для ОТ-ПЦР и ОТ-ПЦР в реальном времени. Количество: Не менее 10 000 е.а. Концентрация: Не менее 200 е.а./мкл

Предназначен для амплификации ДНК (полимеризация второй цепи ДНК). Для применения in vitro. Химический состав - 60 мМ трис-сульфат, 20 мМ (NH4)2SO4, 2 мМ MgSO4, 5% глицерин, 0.05% Tween® 20, 0.06% IGEPAL® CA-630, 0.3 мМ дНТФ, 125 е.а/мл LongAmp® Hot Start Taq ДНК-полимеразы, pH 9.0 при 25°C. Концентрация: не менее 2Х

Ингбитор предназначен для ингибирования РНКазы A, РНКазы B и РНКазы C. Ингибитор представляет собой белок печени свиньи с молекулярной массой 52 кДа. Происхождение ингибитора – штамм E.coli, экспрессирующий белок печени свиньи. Ингибитор не ингибирует РНКазу 1, РНКазу T1, РНКазу T2, S1 нуклеазу и РНКазу H. Ингибитор поставляется в буфере, содержащем 20 мМ трис-гидрохлорид (pH 8.0), 50 мМ KCl, 0,5 мМ ЭДТА, 8 мМ ДТТ и 50% глицерин. Концентрация ингибитора: не менее 40 е.а./мкл

Набор для магнитной экстракции мРНК предназначен для выделения мРНК с интактным полиА хвостом из клеток и тканей без использования фенола и других органических растворителей. Технология выделения основана на использовании парамагнитных шариков, покрытых олугонулеотидом д(T)25, с которым происходит связывание полиА хвоста мРНК. В состав набора входит магнитные шарики, покрытые олигонуклеотидом д(T)25, лизирующий/связывающий буфер, буфер для промывки I, буфер для промывки II, буфер с низким содержанием солей, буфер для элюции

Набор предназначен для удаления цитоплазматической рибосомальной РНК (5S, 5.8S, 18S, 28S, человеческих ETS и ITS) и митохондриальной рибосомальной РНК (12S, 16S) из образцов тотальной РНК человека, мыши и крысы. Минимальное количество тотальной РНК, необходимое для удаления рРНК с помощью набора: не более 10 нг. Набор совместим с наборами для подготовки библиотек РНК для секвенирования следующего поколения или эквивалентными наборами

Модуль предназначен для выделения поли(А)-РНК из образца тотальной РНК. Диапазон количества исходной тотальной РНК: не уже 1-5 мкг. Минимальная длительность протокола выделения поли(А)-РНК с помощью модуля не более 1 часа. В состав набора входят – связывающий буфер не менее 28,8 мл, промывочный буфер не менее 57,6 мл, вода без нуклеаз не менее 4,8 мл, трис-буфер не менее 24 мл, парамагнитные шарики с иммобилизованным праймером олиго(дТ)25 не менее 1,92 мл. Концентрация связывающего буфера: не менее 2Х

Набор предназначен для выделения интактной полиаденилированной (полиА) мРНК непосредственно из неочищенного лизата животных и растительных клеток и тканей. В состав набора входят магнитные частицы Dynabeads oligo (dT)25 или эквивалент, буфер для лизиса/связывания, промывочный буфер A, промывочный буфер B, буфер для элюции. 1 мг магнитных частиц (200 мкл) связывает до 2 мкг мРНК. Набор содержит достаточное количество реагентов для не менее чем 20 стандартных выделений

Фермент предназначен для лигирования ДНК. Происхождение фермента – штамм E. coli, содержащий рекомбинантный ген, кодирующий Т3 ДНК-лигазу. Форма выпуска фермента – высокоочищенный фермент, 10 мМ трис-гидрохлорид, 50 мМ КCl, 1 мМ ДТТ, 0,1 мМ ЭДТА, 50% глицерин, pH 7.4 при 25°C. Фермент поставляется в комплекте с 2Х реакционным буфером. Фермент совместим с реакционным буфером - 66 мМ трис-гидрохлорид, 10 мМ MgCl2, 1 мМ ДТТ, 1 мМ АТФ, 7,5% ПЭГ 6000, pH 7.6 при 25°C. Концентрация фермента: не менее 3 000 000 е.а./мл

Набор содержит контрольный образец РНК для выполнения контрольных циклов для работы с наборами для секвенирования кДНК. В состав набора входит не менее 3 пробирок с не менее чем 25 мкл контрольного образца РНК

Набор адаптеров предназначен для использования с набором для баркодирования фрагментов ДНК без этапа ПЦР для проведения секвенирования. Набор совместим с проточными ячейками. Набор содержит Rapid адаптер или эквивалент не менее 15 мкл и буфер для адаптера не менее 100 мкл

Смесь предназначена для синтеза ДНК в ходе различных биохимических реакций. Химический состав смеси - водный раствор натриевых солей 2'-дезоксиаденозин-5'-трифосфата, 2'-дезоксицитидин-5'-трифосфата, 2'-дезоксигуанозин-5'-трифосфата, 2'-дезокситимидин-5'-трифосфата, pH 7.5 при 25°С. Чистота смеси, определенная методом ВЭЖХ. Концентрация в смеси каждого дНТФ: не менее 10 мМ. Количество в смеси каждого дНТФ: не менее 40 мкмоль

Представляет собой смесь компонентов: фермент, буфер, смесь дезоксинуклеотидтрифосфатов. Фермент обладает функцией горячего старта. Источник: Thermococcus sp. Входные образцы: кровь, ткани. Подходит для ПЦР исследований с детекцией по конечной точке, генотипирования и секвенирования нового поколения

Предназначен для высокопроизводительного секвенирования. Диапазон ввода РНК: от 10 пг до 100 нг тотальной РНК. В состав набора входит: контрольный препарат тотальной РНК не менее 5 мкл, буфер для синтеза первой цепи кДНК не менее 5× не менее 96 мкл, обратная транскриптаза концентрацией не менее 100 Ед/мкл не менее 48 мкл, ингибитор РНКаз концентрацией не менее 40 Ед/мкл не менее 60 мкл, вода без нуклеаз не менее 2 мл, лизирующий буфер концентрацией не менее 10× не менее 460 мкл, буфер для элюции не менее 2 × 1,75 мл, ДНК-полимераза не менее 50 мкл, ПЦР-буфер концентрацией не менее 2× не менее 1,25 мл, олиго-dT с длинными прочтениями концентрацией не менее 10 мкМ не менее 48 мкл, олигонуклеотид TSO с длинными прочтениями концентрацией не менее 100 мкМ не менее 12 мкл, праймер 1 концентрацией не менее 12 мкМ не менее 24 мкл, праймер 2 концентрацией не менее 12 мкМ не менее 24 мкл, ТРГ не менее 10 мкл, индексная пластина концентрацией не менее 12,5 мкМ не менее 24 х 5 мкл. Концентрация контрольного препарата тотальной РНК: не менее 1 мкг/мкл

Набор предназначен для баркодирования фрагментов ДНК c этапом ПЦР для проведения секвенирования. Набор совместим с проточными ячейками п.2 настоящего описания объекта закупки. Минимальное необходимое количество ДНК: не более 1 нг высокомолекулярной ДНК (>4 т.п.н.). Максимальное необходимое количество ДНК: не менее 5 нг высокомолекулярной ДНК (>4 т.п.н.). Фрагментация ДНК: транспозазная. Количество уникальных баркодов: не менее 24. Количество пробирок с магнитными шариками не менее 3 x 1 200 мкл. Количество секвенирующего буфера: не менее 700 мкл. Количество Rapid адаптера или эквивалента: не менее 15 мкл. Количество буфера для элюции: не менее 3 x 500 мкл. Количество загрузочных частиц: не менее 600 мкл. Количество раствора для частиц: не менее 600 мкл. Количество раствора для промывки проточной ячейки: не менее 200 мкл. Количество буфера для промывки проточной ячейки: не менее 8000 мкл

96-луночные планшеты с баркодами предназначены для проведения ПЦР. Рабочий объем лунки: Не менее 0,2 мл. Материал планшетов: полипропилен. Планшеты совместимы с системами ПЦР в реальном времени и термоциклерами

Стандарт для секвенирования предназначен для использования с генетическими анализаторами серии 3500 / 3500xL, имеющимися в налчии у Заказчика. Стандарт используется для выполнения спектральной калибровки или проверки производительности. Стандарт поставляется не менее чем в 4 пробирках

Предназначено для фрагментного анализа и стандартного секвенирования. Совместим с генетическими анализаторами Applied Biosystems3500/3500xL, имеющимися в наличии у Заказчика

Ячейка предназначена для получения последовательности ДНК и РНК, идентификации модификаций нуклеиновых кислот. Ячейка совместима с ампликонами, геномной ДНК, кДНК, РНК, мРНК и другими видами нуклеиновых кислот. Ячейка позволяет детектировать модификации ДНК 5mC, 5hmC, 6mA, 4mC. Ячейка позволяет детектировать модификации РНК m6A, pseU, m5C, Inosine, 2’OMe-A, 2’OMe-C, 2’OMe-G, 2’OMe-U. Способ детекции нуклеотидов: изменение колебания электрического тока